7 апреля 1962 года на базе Медвежьегорской школы-интерната № 4 был открыт Медвежьегорский историко-краеведческий музей. В 1969 году, на основании постановления Совета Министров Карельской АССР, школьный музей был преобразован в филиал Государственного историко-архитектурного и этнографического музея-заповедника «Кижи». В 1977 году музей вновь пережил преобразования и стал уже филиалом Карельского государственного краеведческого музея. Уже в 1991 году районный музей становится самостоятельным учреждением. В 2008 году получает окончательный статут муниципального учреждения.

За прошедшие годы музей прошел славный путь и стал одним из важнейших культурных центров города Медвежьегорска. Самоотверженным трудом музейных работников была собрана уникальная коллекция экспонатов. Музей располагает редкой коллекцией старообрядческих икон, вышивок Заонежья, экспонатов из глины, керамики, металла и дерева, предметов домашней утвари и мебели разного времени. Большой интерес представляет коллекция прялок из Заонежья, Пудожья и Сегозерья, а также материалы времен Великой Отечественной войны. В числе экспонатов – письма солдат, фотоматериалы, документация и обширный видеоархив.

В пяти залах музея организуются выставки и экспозиции различной тематики. В настоящее время работают постоянные экспозиции: «На рубеже веков», «Кархумяки», «Беломорско-Балтийский канал», «Заонежские узоры. История и современность».

Один из залов является выставочным, в нем, в осеннее – зимний период проводятся выставки художников, ремесленников, творческих личностей. Музеем были организованы выставки таких известных художников Карелии как Б.Поморцева, П.Миронова, С.Юфа и Т.Юфа, А.Каштанова, местных художников, художников из Москвы и С-Петербурга.

В последние годы Медвежьегорский районный музей активно развивается: в стенах музея проводятся экскурсии и мастер-классы, различные встречи, праздники, презентуются актуальные выставки, проходят чествования ветеранов и защитников Отечества. Коллектив музея тесно сотрудничает с учреждениями культуры города и района, образовательными учреждениями, учреждениями дополнительного образования, общественными организациями, краеведами, историками. Просветительская деятельность сотрудников музея помогает сохранению бесценного исторического наследия Медвежьегорского района.