В разные годы Медвежьегорский районный музей выступал участником и партнёром многих проектов, в том числе и международных, таких как Российско-Финляндский проект «Карельские каникулы», в рамках которого в нашем музее открылся Информационно-туристский центр. Это было в 2004 году. Целью проекта являлось улучшение качества услуг в сфере культурного туризма в семи районах Карелии за счет организации работы сети информационного и музейно-экскурсионного обслуживания туристов, основанной на создании, развитии и взаимодействии туристских служб муниципальных музеев. В целях наиболее эффективного обслуживания туристов в семи музеях были созданы и технически оснащены визит-центры, обеспечен доступ в Интернет; разработаны новые или улучшены уже существующие туристские маршруты по объектам историко-культурного наследия районов; изданы рекламно-презентационные материалы, представляющие как всю музейно-туристскую сеть «Карельские каникулы», так и её отдельные сегменты.

В 2007 г. Медвежьегорским музеем совместно с КРОО «Заонежье» был реализован проект «Моя малая родина», результатом которого стала выставка «Заонежье глазами детей», организованная в зале Национальной библиотеки в г. Петрозаводске.

В этом же году музей становится участником проекта «Голубая дорога». Такое название носит международный туристский маршрут длиной более чем в 2000 км, который начинается у Атлантического побережья Норвегии, проходит по территории Швеции, Финляндии и продолжается в России. Маршрут пролегает вдоль многочисленных озёр и рек, отсюда и его название – «Голубая дорога». Российский участок маршрута проходит по территории южной и средней части Карелии, по берегам Ладожского и Онежского озёр. Это самая популярная дорога федерального значения, пересекающая всю Карелию с запада на восток. В маршрут вошли Сортавала, Питкяранта, Олонец, Пряжа, Петрозаводск, Кондопога, Медвежьегорск и Каргополь.

Следующий международный проект, партнёром которого выступил Медвежьегорский музей, - это Российско-Финляндский проект «Еврорегион Карелия: музейный гипертекст», направленный на формирование общего культурного пространства в регионе, выявление исторических и культурных особенностей, внутренних и внешних связей между городами и районами Карелии по обе стороны границы. Партнёрами этого проекта стали 12 организаций, среди них 8 музеев: 4 музея Карелии и 4 – Финляндии, которые вошли в единую музейно-информационную систему «Открытая Карелия». В 2013 г. в рамках проекта «Еврорегион Карелия: музейный гипертекст» в Медвежьегорском музее открылась новая экспозиция-навигатор «Заонежский путе(про)вод».

В 2019 г. Медвежьегорск стал центром празднования 99-го Дня рождения Республики Карелия. Ко Дню республики Медвежьегорский районный музей в сотрудничестве с администрацией района, АНО «Заонежская изба» и фотографом В.А. Каштановым подготовил и выпустил красочный буклет по истории и достопримечательностям нашего района, а в честь 75-летия освобождения Карелии от захватчиков - буклет «Оборонные сооружения Медвежьегорска».

В этом же 2019 году стартовали проекты музея в партнёрстве со школами Медвежьегорска, которые реализуются по сей день, – это «Память жива» и «Календарь народной куклы». В рамках патриотического проекта «Память жива» проводятся такие мероприятия, как литературные вечера; памятные митинги, посвящённые поэту Борису Смоленскому, павшему в бою за Медвежьегорск в 1941 г. близ п. Падун; участие в церемониях захоронения павших героев - защитников нашего города; встречи с представителями поискового движения Карелии, с детьми войны и др. В 2021 г. в рамках проекта в музее состоялась встреча с родственниками партизана А.П. Андрианова и торжественная церемония передачи ордена дочери бойца.
Проект «Календарь народной куклы» посвящён изучению истории русских и карельских народных праздников и обрядов на основе этнографического материала и процессу создания традиционной куклы-оберега. В рамках проекта для детей и взрослых в музее проводятся тематические занятия и мастер-классы по изготовлению народных кукол.

В 2020 г. Медвежьегорский музей выступил партнёром проекта «Я – музей – Карелия», реализованного МКОУ ДО «Дом детского творчества г. Медвежьегорска» в рамках федерального проекта «Успех каждого ребёнка» и направленного на совершенствование и разнообразие дополнительного образования детей.

Тогда же музеем реализован проект «История одной вещи» - к 75-летию победы в Великой Отечественной войне. В рамках этого проекта состоялся цикл музейных уроков для школьников по изучению и описанию памятных предметов из семейных коллекций.

Осенью 2020 г. Медвежьегорский районный музей стал партнёром проекта «Музейный волонтёрский десант Республики Карелия», реализованного КРОО «Лига прибалтийско-финских народов» с использованием гранта ООГО «Российский фонд культуры», предоставленного в рамках программы «Волонтеры культуры» федерального проекта «Творческие люди» национального проекта «Культура».
Важной частью этого проекта для нашей команды стала трёхдневная экспедиция на остров Кижи с насыщенной и очень познавательной программой - это занятия в фондах музея, знакомство с домами-памятниками, историческими ландшафтами, погружение в нематериальную культуру Заонежья. Это уникальный опыт изучения предмета в его «естественной среде бытования» под руководством лучших специалистов.

В 2021 г. Медвежьегорский музей выступил партнёром проекта «Музейный марафон: ремесла Карелии», реализованного КРОО «Лига прибалтийско-финских народов» в рамках национального проекта «Культура» и направленного на изучение, сохранение, популяризацию традиционных ремёсел Карелии. В рамках реализации проекта на территории Медвежьегорского района в музее состоялись занятия и мастер-классы для детей и взрослых по вышивке, изготовлению женских украшений, оформлению салфеток в технике набойки по ткани. Сотрудники музея выезжали в экспедиции в Заонежье и Беломорский район с целью пополнения музейных коллекций новыми предметами, а также в Петрозаводск и на о. Кижи, где участвовали в семинаре «Музей и мастер». Итогом проекта стала выставка «Времён связующая нить» в нашем музее, посвящённая традиционным женским ремёслам Медвежьегорского района - вышивке и бисероплетению, а также вышел в свет буклет «Карельская, вепсская и заонежская вышивка: народный орнамент. Схемы» и каталог «Предметы из фондов музеев Карелии».

В настоящее время в Медвежьегорском районном музее реализуется музейно-образовательная программа для дошкольников и младших школьников «В гостях у сказки», призванная формировать у детей основы музейной культуры, пробудить интерес к истории своей семьи, своим историческим и национальным корням.