7 апреля 1962 года на базе Медвежьегорской школы-интерната № 4 был открыт Медвежьегорский историко-краеведческий музей. В 1969 году, на основании постановления Совета Министров Карельской АССР, школьный музей был преобразован в филиал Государственного историко-архитектурного и этнографического музея-заповедника «Кижи». В 1977 году музей вновь пережил преобразования и стал уже филиалом Карельского государственного краеведческого музея. Уже в 1991 году районный музей становится самостоятельным учреждением. В 2008 году получает окончательный статут муниципального учреждения.

За прошедшие годы музей прошел славный путь и стал одним из важнейших культурных центров города Медвежьегорска. Самоотверженным трудом музейных работников была собрана уникальная коллекция экспонатов, которая на данный момент насчитает более 16 600 музейных предметов. Музей располагает редкой коллекцией старообрядческих икон, вышивок Заонежья, экспонатов из глины, керамики, металла и дерева, предметов домашней утвари и мебели разного времени. Большой интерес представляет коллекция прялок из Заонежья, Пудожья и Сегозерья, а также материалы времен Великой Отечественной войны. В числе экспонатов – письма солдат, фотоматериалы, документация и обширный видеоархив.

В пяти залах музея организуются выставки и экспозиции различной тематики. В настоящее время работают постоянные экспозиции: «На рубеже веков», «Кархумяки», «Беломорско-Балтийский канал», «Заонежские узоры. История и современность».

Один из залов является выставочным, в нем, в осеннее – зимний период проводятся выставки художников, ремесленников, творческих личностей. Музеем были организованы выставки таких известных художников Карелии как Б.Поморцева, П.Миронова, С.Юфа и Т.Юфа, А.Каштанова, местных художников, художников из Москвы и С-Петербурга.

В последние годы Медвежьегорский районный музей активно развивается: в стенах музея проводятся экскурсии и мастер-классы, различные встречи, праздники, презентуются актуальные выставки, проходят чествования ветеранов и защитников Отечества. Каждый год Медвежьегорский музей принимает более 10 тыс. посетителей. Коллектив музея тесно сотрудничает с учреждениями культуры города и района, образовательными учреждениями, учреждениями дополнительного образования, общественными организациями, краеведами, историками. Просветительская деятельность сотрудников музея помогает сохранению бесценного исторического наследия Медвежьегорского района.