Медвежьегорский историко-краеведческий музей начал свою деятельность как школьный музей в апреле 1962 года Руководителем музея был учитель географии Виктор Петрович Ершов. Ребята во главе с учителем ходили в походы по району и собирали экспонаты для своего музея.

В 1969 г. школьный музей был преобразован в филиал Государственного историко-архитектурного и этнографического музея-заповедника «Кижи».

Директор музея Сергей КолтыринВ 1977 года вновь музей стал филиалом Карельского государственного краеведческого музея, а с 1991 года музей приобретает самостоятельность и носит название «Медвежьегорский городской музей».

В 2006 году музей переименовывается в Муниципальное учреждение «Медвежьегорский районный музей», а с 2008 года Муниципальное казенное учреждение «Медвежьегорский районный музей».

На сегодняшний день фонды музея насчитывают порядка шестнадцати тысяч единиц хранения основного и научно-вспомогательного фонда. Музей располагает большой коллекцией икон, привезённых из Заонежья, Выгореции и Сегозерья, вышивок Заонежья (вышивальщиц из села Шуньга и дер. Хашезеро и др. деревень Заонежского полуострова), экспонатов из глины, керамики, металла и дерева, предметов домашней утвари и мебели разного времени. Богатая коллекция из деревень Сергиево и Данилово – мест проживания старообрядцев (резные деревянные и каменные иконы, предметы медной и пластики: иконы, кресты, церковные предметы, нательные крестики и др.). Большой интерес представляет коллекция прялок из Заонежья, Пудожья и Сегозерья.

В фондах музея хранятся документы, фотографии, письма, печатные и рукописные издания, открытки, монеты, значки и знаки. Богатая видеотека.

Коллектив музея небольшой, но дружный. В музее работает 8 человек: директор, заместитель директора, научный сотрудник, 2 хранителя фондов музея, 2 смотрителя залов и технический работник.

В пяти залах музея организуются выставки и экспозиции различной тематики для разных интересов посетителей. В настоящее время работает экспозиция: «Железный век – железная воля» (в трех залах представлены материалы о жизни, быте и укладе людей времени от Петра I и старообрядцев, о строительстве ББК, стройке 1930-х годов 20-го столетия, о периоде Великой Отечественной войны 1941 – 1944 годов в городе и районе) и в отдельном зале представлена экспозиция «Заонежские узоры. История и современность», рассказывающая об истории и современности Заонежской вышивки.

Один из залов является выставочным, в нем, в осеннее – зимний период проводятся выставки художников, ремесленников, творческих личностей. Так были организованы выставки художников Карелии: Б. Поморцева, П. Миронова, С. Юфа и Т. Юфа, А. Каштанова, местных художников, художников из Москвы и С-Петербурга.

Сотрудники музея осуществляют большую экскурсионную деятельность на объекты историко-культурного наследия, расположенные в городе и районе.